Comprehensive EST analysis of Atlantic halibut (Hippoglossus
hippoglossus), a commercially relevant aquaculture species
Sebuah langkah awal yang penting dalam karakterisasi genom spesies baru, dalam hal ini Atlantic halibut (Hippoglossus hippoglossus), adalah generasi informasi EST. Sebuah koleksi dari 7710 EST Unigene beranotasi fungsional telah dirakit dari Halibut Atlantik. Ini telah dimasukkan ke dalam database, tersedia untuk publik dicari dan membentuk dasar untuk microarray oligonukleotida yang dapat digunakan sebagai alat untuk mempelajari ekspresi gen dalam hal ini ikan ekonomis penting aquacultured. Hal ini membentuk dasar untuk desain microarray berikutnya, deteksi SNP dan penempatan penanda baru pada genetik linkage peta.
Halibut Atlantik adalah air dingin flatfish asli Utara Atlantik yang menunjukkan potensi yang sangat baik untuk produksi dalam akuakultur karena sangat berharga daging putih. Flatfish telah lama ikan pilihan makanan, dengan banyak anggota, misalnya kelompok, halibuts, Flounders, sol, turbot, dan plaice, memiliki nilai komersial yang besar khususnya di Asia. Dengan penurunan umum di seluruh dunia perikanan liar, dan meramalkan runtuhnya global semua saat memancing spesies pada tahun 2048. sangat penting bahwa alternatif seperti budidaya dikejar. Investigasi ke dalam memproduksi flatfish oleh akuakultur telah berlangsung selama terakhir Limabelas atau duapuluh tahun. Produksi perikanan budidaya dari Jepang menggelepar, turbot, halibut Atlantik dan lain-lain telah kini telah berhasil dicapai, meskipun perbaikan dalam efisiensi masih jelas diperlukan. Dalam metode ini yang digunakan yaitu ikan pemeliharaan dan sampling, perpustakaan cDNA konstruksi, Sequencing, EST dan anotasi, dan Identifikasi urutan mikrosatelit. SED dan MER dipahami dan dirancang proyek. LCK dibangun perpustakaan cDNA. JK dan MER dilakukan bioinformatic analisis. Meningkatkan komersial budaya Atlantik halibut dan satu-satunya Senegal.
Pada hasil terdapat cDNA perpustakaan dan EST, anotasi, dan Fungsional kategori cDNA. Normalised perpustakaan cDNA arah dibangun dari lima tahap larva yang berbeda (Penetasan, mulut membuka, tengah untuk metamorfosis, premetamorphosis, dan postmetamorphosis) dan delapan jaringan dewasa yang berbeda (testis, ovarium, hati, kepala ginjal, limpa, kulit, insang, dan usus). Rekombinasi efisiensi perpustakaan berkisar 91-98% dan masukkan ukuran rata-rata 1,4 kb. Sekitar 1000 klon diurutkan dari ujung 5'-perpustakaan masing-masing dan setelah pemangkasan, 12675 urutan yang baik diperoleh. Redundansi dalam perpustakaan masing-masing sangat rendah dan perakitan dari koleksi seluruh EST ke contigs menghasilkan 7738 urutan yang unik yang 6.722 (87%) memiliki pertandingan di Genbank. Penghapusan EST dan contigs yang berasal dari bakteri atau organisme makanan menghasilkan total 7710 urutan halibut unik.
Penambahan lebih dari 7700 EST, 5040 yang secara fungsional beranotasi, secara signifikan meningkatkan genom yang tersedia untuk non-model spesies ikan alat. Mengingat tinggi urutan tingkat kesamaan antara spesies flatfish, yang Atlantic halibut EST akan menarik besar untuk flatfish peneliti pada umumnya, serta halibut akuakultur penelitian masyarakat. Tersebut, dapat diakses publik dicari database juga menambahkan nilai substansial untuk data genom dihasilkan dalam penelitian ini. Survei EST telah memberikan jumlah penanda mikrosatelit yang telah ditempatkan di Atlantik halibut genetik linkage peta (Reith, pers. comm) serta. probe untuk studi lokalisasi selular dengan dalam hibridisasi in situ. Hal ini juga meletakkan dasar untuk desain dan konstruksi microarray untuk mempelajari ekspresi gen di bawah kondisi lingkungan yang berbeda untuk lebih memahami dampak gizi, stres,dan kondisi lingkungan pada produksi perikanan budidaya.
